Phòng Kiểm soát tần số là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện thực hiện chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng trong công tác kiểm soát tần số vô tuyến điện, xử lý nhiễu có hại và khai thác hệ thống thiết bị kỹ thuật kiểm soát tần số vô tuyến điện.

Phòng Thanh tra là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng thực hiện công tác thanh tra chuyên ngành, kiểm tra chuyên ngành; tiếp công dân; giải quyết khiếu nại, tố cáo; phòng, chống tham nhũng thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Cục theo quy định của pháp luật.

Phòng Chính sách và Quy hoạch tần số là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng trong công tác xây dựng và hướng dẫn thi hành các văn bản quy phạm pháp luật, các quy hoạch tần số vô tuyến điện và các chính sách thuộc lĩnh vực quản lý tần số vô tuyến điện, quỹ đạo vệ tinh.

Phòng Tổ chức cán bộ là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện, có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng trong lĩnh vực tổ chức, cán bộ, đào tạo, phát triển nguồn nhân lực và lao động, tiền lương.

Phòng Hợp tác và Phối hợp tần số quốc tế là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng trong lĩnh vực hợp tác quốc tế về kỹ thuật, nghiệp vụ quản lý tần số vô tuyến điện, phối hợp tần số quốc tế và quỹ đạo vệ tinh.

Phòng Ấn định và Cấp phép tần số là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện, có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng trong công tác ấn định tần số, cấp các loại giấy phép tần số vô tuyến điện.

Phòng Kế hoạch và Đầu tư là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng trong lĩnh vực kế hoạch, đầu tư, xây dựng.

Văn phòng là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng trong công tác tổng hợp kế hoạch, văn thư lưu trữ, thi đua, khen thưởng, cải cách hành chính, truyền thông, hành chính, quản trị. Văn phòng có con dấu và tài khoản riêng để giao dịch theo quy định của pháp luật.

Phòng Tài chính - Kế toán là đơn vị thuộc Cục Tần số vô tuyến điện có chức năng tham mưu, giúp Cục trưởng trong các lĩnh vực tài chính, kế toán; quản lý vốn, tài sản nhà nước.